福建省内共有以下海关：

福州海关：

管辖范围包括福建省内的福州、莆田、三明、南平、宁德5市及其所辖的40个县，关区内主要口岸有福州国际机场空港、福清江阴港、莆田秀屿港、宁德三都澳港和武夷山机场空港等。

厦门海关：

管辖范围包括福建省内的厦门、漳州、泉州、龙岩4市，关区内主要口岸有厦门机场、厦门邮轮港、厦门邮局、高崎、集同、翔安、东渡、海沧、漳州、东山、古雷、龙岩等。

其他地级市海关：

包括漳州海关、泉州海关、莆田海关、宁德海关等。

此外，福建省共有7个海关特殊监管区域。

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