药店记账通常遵循以下步骤：

记录收入和支出

记录所有药品销售、原材料采购、营业成本、员工工资等收入和支出。

对于药品销售，详细记录药品名称、数量、单价及总价。

记录支出包括药品采购成本、员工工资、租金、水电费、管理费、卫生费等。

使用会计账簿

设立总账、明细账、费用明细账、库存商品账、银行存款日记账、现金日记账等。

对于一般纳税人，还需有应交税金明细账。

自制原始凭证

制作如收料单、领料单、工资结算单、收款收据、销货发票、成本计算单等。

填制记账凭证

根据原始凭证汇总填制记账凭证，并确保凭证齐全，每一笔交易都有相应的发票或收据作为凭证。

核对账目

定期进行库存盘点，确保账实相符。

总账和明细账核对，确保账目准确无误。

编制会计报表

利润表（损益表）、资产负债表等。

根据总账科目余额、明细账科目余额及总科目和明细科目余额分析计算填列。

遵守税务法规

及时申报纳税，包括增值税、所得税等。

使用财务管理软件 （可选）：

提高财务管理效率，实现财务自动化。

报税

如果是增值税一般纳税人，需进行网上国税申报和地税申报。

存档

将留底的报表和相关凭证存档，以备查用。

请根据药店的实际情况和当地税务法规，选择合适的记账方法和工具。