货物运输公司的会计做账流程通常包括以下几个步骤：

设置会计科目

资产类科目：库存现金、银行存款、应收账款、应收票据、预付账款、其他应收款、在途物资、原材料、库存商品、固定资产、累计折旧、在建工程等。

负债类科目：短期借款、应付账款、应付票据、预收账款、应付职工薪酬、应交税费、其他应付款等。

所有者权益类科目：实收资本、资本公积、盈余公积、本年利润、利润分配等。

成本类科目：主营业务成本、其他业务成本、营业税金及附加等。

损益类科目：主营业务收入、其他业务收入、投资收益、营业外收入、管理费用、销售费用、财务费用等。

记录收入和支出

收入：运输收入、装卸收入等。

成本：燃油费、维修费、工资、设备采购和维护费用等。

费用：管理费用、销售费用、财务费用等。

编制记账凭证

根据实际发生的业务录入会计凭证。

记录每一笔收入和支出的日期、金额、用途和付款方式等信息。

登记账簿

根据记账凭证登记总账和明细账。

定期更新总账和分类账，确保财务信息的准确性和及时性。

编制财务报表

根据总账和明细账编制财务报表，如资产负债表、利润表、现金流量表等。

纳税申报

按照国家规定缴纳各种税费。

妥善保管财务资料。

运费核算

确定应付账款时需凭发票单。

应收账款由运费合同或补贴凭单给出。

会计分录示例

收到运输费时：

借：银行存款/应收账款

贷：主营业务收入—运输收入

贷：应交税费—应交增值税（销项税额）

支付燃油费时：

借：主营业务成本——燃油费

贷：银行存款

计提折旧费用时：

借：主营业务成本——折旧费

贷：累计折旧

支付工资时：

借：主营业务成本——人工成本

贷：应付职工薪酬

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期末结账

进行计提、摊销、结转记账凭证。

对所有记账凭证进行汇总，编制记账凭证汇总表。

根据汇总表登记总账。

结账、对账，确保账证相符、账账相符、账实相符。

报表分析

对编制的财务报表进行分析说明。

将记账凭证装订成册，妥善保管。

请根据公司的具体业务情况和当地税务部门的规定进行会计处理。