南京中医药大学有三个校区，分别位于不同的区域：

仙林校区：位于江苏省南京市栖霞区仙林大道138号。

汉中门校区：位于江苏省南京市鼓楼区汉中路282号。

泰州校区：位于江苏省泰州市医药高新区匡时路6号。

学校坐落于南京市，具体到区的话，仙林校区在栖霞区，汉中门校区在鼓楼区