济宁汶上县人民法院设有以下部门和法庭：

1. 办公室

2. 政工科

3. 立案庭

4. 刑事审判庭

5. 民事审判第一庭

6. 民事审判第二庭

7. 民事审判第三庭

8. 行政审判庭

9. 审判监督庭

10. 执行局（包括执行一庭、执行二庭、综合庭）

11. 研究室

12. 法警大队

13. 技术室

14. 监察室

15. 机关党委

16. 信访科

17. 工会

18. 群众工作办公室

19. 审判管理办公室

20. 城郊人民法庭

21. 南站人民法庭

22. 次丘人民法庭

23. 杨店人民法庭

全院现有在职干警105人