农产品抵扣进项税的方式主要有以下几种：

凭票抵扣

一般纳税人：取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按票上的税额抵扣。

小规模纳税人：取得征收率为3%的增值税专用发票，按发票上金额乘以9%的扣除率计算进项税额。

农业生产者：取得免税的销售发票，按发票上金额乘以9%的扣除率计算进项税额。

农产品深加工企业：购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，可在生产领用时加计抵扣1%的进项税额。

核定抵扣（核定扣除）

农业生产者未开具免税销售发票时，采购方可自行开具农产品收购发票，按发票上金额乘以9%的扣除率计算进项税额。

免税规定

农业生产者销售的自产农产品免征增值税。

抵扣凭证

农产品销售发票和农产品收购发票可用作抵扣凭证。

不同税率货物的抵扣

用于生产9%税率货物，按9%抵扣进项税额。

用于生产销售或委托加工13%税率货物，可按10%抵扣进项税额。

若购买方既用于生产13%税率货物又用于其他货物服务，未分别核算的，应按照9%抵扣进项税额。

纳税申报

增值税纳税申报时，填写相应的抵扣信息。

请根据您的具体情况选择合适的抵扣方式，并确保符合相关税法规定。