内蒙古自治区下辖的旗县包括：

1. 呼和浩特市：

回民区

新城区

玉泉区

赛罕区

土默特左旗

托克托县

和林格尔县

武川县

清水河县

2. 包头市：

昆都仑区

东河区

青山区

石拐区

白云矿区

九原区

土默特右旗

固阳县

达尔罕茂明安联合旗

3. 赤峰市：

新城区

红山区

元宝山区

松山区

4. 通辽市：

科尔沁区

5. 鄂尔多斯市：

具体旗县未提及

6. 乌兰察布市：

具体旗县未提及

7. 巴彦淖尔市：

具体旗县未提及

8. 乌海市：

海勃湾区

海南区

乌达区

9. 呼伦贝尔市：

海拉尔区

扎赉诺尔区

阿荣旗

莫力达瓦达斡尔族自治旗

鄂伦春自治旗

鄂温克族自治旗

陈巴尔虎旗

新巴尔虎左旗

新巴尔虎右旗

满洲里市

牙克石市

扎兰屯市

额尔古纳市

根河市

10.兴安盟：

乌兰浩特市

阿尔山市

科尔沁右翼前旗

科尔沁右翼中旗

扎赉特旗

突泉县

11. 阿拉善盟：

具体旗县未提及

12. 锡林郭勒盟：

具体旗县未提及

13. 满洲里市和二连浩特市为计划单列市。

以上信息包含了部分旗县，具体每个盟市下的旗县可能还有更多，由于信息量较大，这里只列举了一部分。如需了解更详细的行政区划信息，请提出具体需求