支付工程款的会计分录通常包括以下几个步骤：

支付时

```

借：在建工程

贷：银行存款

如果涉及增值税进项税额，则加上：

借：在建工程

贷：应交税费——应交增值税（进项税额）

```

工程价款结算时 （补付的工程款）：

借：在建工程

贷：应付账款

工程完工并达到预定可使用状态时

```

借：固定资产

贷：在建工程

以上会计分录反映了支付工程款的整个过程，包括支付时的直接成本、税金处理，以及工程完工后的资产转入。需要注意的是，如果支付过程中涉及到其他费用，如税金和手续费，也需要相应地增加或减少相关的科目。

请根据具体情况调整分录，并确保符合当地的会计准则和法规要求。