福建省自考的主考院校包括以下几所：

福建工程学院

福建农林大学

福建师范大学

福建医科大学

福建中医药大学

福州大学

华侨大学

集美大学

龙岩学院

闽江学院

闽南师范大学

南京农业大学

西南交通大学

长沙理工大学

中国传媒大学

此外，还有以下院校也参与福建自考的主考：

福建教育学院

泉州师范学院

闽西职业技术学院

福州大学至诚学院

建议选择主考院校时，综合考虑学校的教学质量、专业设置、社会认可度以及个人职业规划等因素。不同的院校和专业可能会有不同的毕业要求，建议提前了解清楚并选择最适合自己的院校和专业。