企业可以通过以下几种方式查询员工的学历：

学信网查询

访问学信网官网，登录账户，选择“学历查询”或“单位会员查询”。

输入员工的姓名和证书编号进行查询。

要求员工提供学历证明

员工准备并出示学士学位证书、硕士学位证书、博士学位证书等文件。

联系学校查询

直接联系员工毕业的学校，核实员工的学历信息。

社会认可的学历认证

要求员工通过社会认可的学历认证机构进行认证。

使用第三方查询工具

利用第三方查询工具，如国家政务服务平台小程序，进行学历查询。

查阅员工学历证书

直接查看员工的学历证书和毕业证书。

云端数据库系统

企业使用云端数据库系统，可以查询员工包括学历在内的多种信息。

以上方法可以帮助企业验证员工学历的真实性。需要注意的是，对于大专以下学历，企业可能不会进行详细查询，因为操作起来相对麻烦