工程税的扣除通常遵循以下步骤和规则：

确定税率

增值税：通常按工程结算款的3%缴纳。

个人所得税：按工程结算款的1%缴纳。

城建税：根据增值税金额，按7%、5%或1%的税率缴纳，具体取决于纳税人所在地。

教育费附加：按增值税的3%缴纳。

印花税：按建筑安装工程承包合同金额的0.3‰计算缴纳。

计算税额

根据工程合同金额和上述税率计算应缴税额。

申报与缴纳

准备相关财务凭证，如合同、发票等。

填写《企业所得税纳税申报表》等相关表格。

提交给税务机关审核。

审核通过后按规定缴纳相应的税款。

税务机关开具完税证明作为纳税凭证。

特殊规定

对于跨省工程的分包，扣缴人应在扣缴人机构所在地代扣代缴。

如果分包人将工程再次分包，且某段工程为跨省工程，则该段工程的营业税由总承包人在其机构所在地代扣代缴。

增值税抵扣

增值税=销项税-进项税。

销项税=工程结算款×13%。

进项税=各类成本×对应的税率。

取得增值税专票后，在规定时间内进行认证，并在申报期内申报抵扣进项税额。

请根据最新的税收法规和地方税务机关的具体规定进行操作，并咨询当地税务机关以获取最准确的指导