江西自考申请毕业论文的流程大致如下：

资格审定

考生需完成自考专业所规定的实践性环节课程考核并取得合格成绩。

思想品德经鉴定符合要求。

完成自考专业考试计划规定的理论课程且考试成绩合格。

交费与选题

考生在通过资格审定后，在规定时间内到主考院校办理交费手续。

论文选题方向作为初步方向，并非最终论文题目。考生可以根据自己的情况填写，最终选题题目需要和导师沟通后确定。

导师分配与论文修改

考生在快要考完时，到所申请毕业的学校，学校会安排导师。

考生将论文发给导师进行修改。

论文提交与答辩

考生将修改后的论文材料和申请表提交给所在单位的自考办公室进行审核。

审核通过后，自考办公室将论文材料和申请表报送给江西省自学考试委员会进行审查。

审查通过后，考生可参加论文答辩。

论文答辩

论文答辩由考生阐述论文写作动机、内容梗概和观点，答辩小组提问，考生回答。

答辩通过后，本科论文即告完成。

领取成绩和证书

自考办公室通知考生领取论文成绩和证书。

请注意，以上流程可能因具体院校和年份有所变化，建议考生及时关注主考院校的官方通知和指南。