上海大学中医系的专业设置如下：

1. 基础医学院

2. 中药学院

3. 针灸推拿学院

4. 护理学院

5. 公共健康学院

6. 康复医学院

7. 国际教育学院

8. 继续教育学院

9. 马克思主义学院

10. 体育部

其中，中医学、针灸推拿学、中药学等专业是上海中医药大学较为知名的专业。

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