南京初中补习机构中，以下是一些备受好评的选项：

南京秦学教育

特点：以互联网测评分析系统和在线自适应学习系统为核心，提供个性化学习方案。

南京海豚教育

特点：提供初三英语一对一课程，注重基础知识的夯实和中考题型解析。

南京常青藤教育

特点：提供包括小学语文、数学、语言培训在内的多种课程，注重素质教学。

南京美联英语

特点：提供英语教学服务，注重学生英语能力的全面提升。

南京新东方优能中学

特点：新东方旗下的中学课程辅导，以强大的师资力量和丰富的教学经验著称。

南京学大教育

特点：采用“互联网+线下辅导”模式，实施大数据追踪，提供个性化智能教育。

选择合适的辅导机构时，建议考虑机构的办学规模、师资力量、教学方法、学生评价等因素。同时，建议亲自参观机构，与教师沟通，了解教学内容和方式，以及是否符合孩子的学习需求。