发票在系统中的作废步骤通常如下：

1. 登录税控服务器或电子发票系统，使用开票员账号登录。

2. 进入“发票管理”或“发票业务”菜单，选择“发票作废”或“纸质发票作废”。

3. 在弹出的发票清单中，找到并勾选需要作废的发票。

4. 根据系统提示，输入作废原因。

5. 确认作废信息无误后，提交作废申请。

6. 确认作废操作，并打印作废凭证或保存作废记录。

注意：

如果是当月发现的错误，可以直接作废。

跨月作废可能需要输入发票代码，并开具红字发票。

作废的发票联次要齐全，并盖上公司统一的发票作废章。

某些发票如成品油发票、机动车销售统一发票等可能无法作废。

作废申请提交后，需要等待税务部门审核。

请根据您所在地区的具体规定和操作流程进行操作，若有疑问，建议咨询当地税务机关或专业的税务顾问