物流公司的运输费做账主要包括收入确认、成本核算、费用核算以及资产负债核算。以下是具体的会计分录示例：

收入确认

当物流公司收到运费时，会计分录如下：

借：银行存款/应收账款

贷：主营业务收入

应交税费——应交增值税（销项税额）

```

成本核算

物流公司支付运费时，会计分录如下：

借：主营业务成本

贷：银行存款

```

费用核算

物流公司发生的其他运费支出且取得对应发票时，会计分录如下：

借：管理费用——运费

应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：银行存款

```

资产负债核算

物流公司支付运费的会计分录如下：

借：预收账款——运费

贷：银行存款

```

其他注意事项

物流公司发生的运费收入或支出，应通过“主营业务收入”或“管理费用”等相关二级科目核算。

运费结算不以物流公司的服务实际收费为准，而以收到承运人的发票金额为准。

对于应付运费，应提出有发票，没有发票的，应按统一标准计算。

物流公司在核算运输收入时，需核算运输成本，应当通过“主营业务收入”和“主营业务成本”等科目进行核算，相关税费计入“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目。

请根据具体情况调整上述会计分录，并确保符合当地税法和会计规定。