工程预付款的扣回通常有以下几种方法：

按工程进度扣回

按照工程进度款支付的比例，逐期扣回预付款。

按实际完成工程量扣回

依据实际完成的工程量，计算应扣回的预付款金额。

按合同约定扣回

根据合同条款，约定预付款的扣回方式和时间。

扣回时应确保扣除的预付款不超过合同约定的比例，以免影响施工单位正常运营。

具体的扣回计算公式为：

起扣点（T）= 工程价款总额（P）- 工程预付款限额（M）/ 主要材料及构件所占比重（N）

其中：

`T` 表示起扣点，即工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；

`M` 表示工程预付款限额；

`N` 表示主要材料及构件所占总价款的比重。

此外，根据建设部《招标文件范本》的规定，承包完成金额累计达到合同总价的10%后，承包人开始向发包人还款，发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，并至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。

请注意，这些规定和计算方法应遵循双方合同的具体约定，并考虑到工程的实际情况。