药店会计做账的基本流程包括以下几个步骤：

取得原始凭证：

包括外来原始凭证和自制原始凭证，如收料单、领料单、工资结算单、收款收据、销货发票、成本计算单等。

制作会计凭证：

根据审核无误的原始凭证编制记账凭证，并确保借贷平衡。

登记明细账：

根据记账凭证登记各种明细分类账，如商品进销存账、费用账等。

编制科目汇总表：

在月底汇总制作科目汇总表。

登记总账：

根据科目汇总表登记总账。

核对账目：

核对总账与明细账是否相符，确保账证相符、账账相符、账实相符。

编制会计报表：

根据总账科目余额填列，包括利润表（损益表）、资产负债表等，并进行分析说明。

纳税申报：

如果是增值税一般纳税人，需要进行网上国税申报和地税申报。

存档报表：

报税完成后，将留底的报表进行存档。

请注意，具体的会计政策和流程可能会根据药店的实际情况和当地税务部门的规定有所不同。务必遵循当地法规和会计标准进行操作