当甲方发函要求罚款时，作为施工单位，您可以采取以下步骤进行回复：

确认罚款原因和金额

仔细阅读甲方发来的罚款通知，明确罚款的具体原因和金额。

评估罚款合理性

根据合同条款和相关管理规定，评估罚款是否合理。

沟通与协商

如果认为罚款不合理，及时与甲方沟通，并提供必要的解释和证据。

如果罚款合理，准备缴纳罚款，并确保按照甲方的要求执行。

正式回复

如果经过沟通，罚款金额或原因仍无法达成一致，可以正式回复甲方，表明立场和可能的解决方案。

遵守法律程序

如果存在异议，可以在法定期限内提起行政诉讼或者复议。

尊敬的甲方：

关于贵方于[具体日期]发出的关于工程罚款的通知，我方已收悉并仔细阅读。

经过仔细核查，我方承认在[具体工程或施工环节]存在[具体问题描述]。根据《施工现场管理细则》第[具体条款]条的规定，我方同意接受贵方提出的罚款决定。

具体罚款金额为人民币[具体金额]元，此款项将从我方当月工程款中扣除。

为了杜绝类似问题再次发生，我方将采取以下措施：

1. 立即加强[具体管理措施]；

2. 对相关责任人进行[具体处理措施]；

3. 定期进行[具体检查或审核]以确保持续改进。

我们深知这一罚款对我们造成的影响，并将以此为契机，提高我们的施工质量和管理水平。

感谢贵方的及时通知和指导，我们将严格按照贵方的要求进行整改。

此致

敬礼!

[施工单位名称]

[具体日期]

请根据实际情况调整上述模板内容。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告知