南京栖霞区拥有众多教育机构，其中包括：

小学

南京市栖霞区实验小学：成立于1919年，是栖霞区的重点学校，获得多项荣誉。

中学

南京市栖霞中学：始建于1923年，是一所全日制普通高级中学，也是江苏省四星级普通高中。

其他中学：包括燕子矶中学、远景全人实验学校等。

高等教育机构

南京大学仙林校区

南京师范大学仙林校区

南京中医药大学仙林校区

南京邮电大学仙林校区

南京财经大学仙林校区

南京审计大学金审学院仙林校区

南京理工大学紫金学院

南京师范大学中北学院

南京森林警察学院仙林校区

南京体育学院仙林校区

南京信息职业技术学院

南京工业职业技术大学

以上信息涵盖了幼儿园至高等教育的各个层次，栖霞区教育资源丰富，为学生提供了多样化的学习选择