员工奖金通常应计入“应付职工薪酬”科目。具体会计分录如下：

1. 计提奖金时：

借：管理费用——奖金

贷：应付职工薪酬——工资、奖金、津贴和补贴

2. 实际发放奖金时：

借：应付职工薪酬——工资、奖金、津贴和补贴

贷：银行存款

应交税费——应交个人所得税

根据企业的具体情况，奖金可能还会涉及其他科目，如销售费用、生产成本等，但核心科目是“应付职工薪酬”。