南京初中课程主要包括以下科目：

主科

语文

数学

英语

物理（初二开始）

化学（初三开始）

生物（初二结束）

历史

地理（初二结束）

政治（道德与法治）

副科

体育

音乐

美术

信息技术

劳技（可能根据地区和学校不同而有所变化）

社团活动（可能包括各种兴趣小组）

以上信息根据最近更新的资料整理而来，具体课程设置可能因地区和学校而异。建议直接咨询当地教育部门或学校以获得最准确的信息