施工单位在进行建筑工程时，需要准备以下主要证书和文件：

施工许可证：

表明工程项目符合相关法律法规的批准条件。

建设工程规划许可证：

由国家建设主管部门批准，证明项目符合规划要求。

建筑施工组织设计审查合格证书：

证明设计方案通过审查并符合规范要求。

开工报告：

工程施工前必须报送的文件。

竣工验收备案表：

工程竣工验收后的备案证明。

消防验收合格证书：

证明消防系统符合安全标准。

安全生产许可证：

证明施工单位具备安全生产条件。

环境影响评价文件：

证明项目符合环境保护要求。

职业健康安全管理体系认证证书：

证明施工单位符合职业健康安全管理体系标准。

施工人员上岗证：

证明施工人员具备相应的专业技能和安全知识。

工程质量检测报告：

证明工程质量符合标准。

材料采购合同：

证明材料来源合法和质量合格。

其他相关证书：

如土地使用证、营业执照、注册号、国家企业等级证书、信用等级证书、施工企业安全资格审查认可证、企业法人代码书、质量体系认证书、施工单位的试验室资质证书等。

此外，根据具体施工项目和要求，可能还需要其他特定证书，如：

执业资格证书：包括注册建造师、注册造价工程师、注册监理工程师、注册消防工程师、注册安全工程师、注册土木工程师、注册电气工程师、注册公用设备工程师、注册建筑师、注册结构工程师、注册咨询工程师、注册城乡规划师等。

安全三类证书：建筑施工企业主要负责人、项目负责人和专职安全生产管理人员所需的三种证书，分别称为A证、B证和C证。

请根据具体项目要求和当地规定准备相应的证书和文件