当甲方代付款给乙方，并由丙方支付给乙方时，开具发票的步骤如下：

确定发票类型

使用有效的发票表格。

收集必要信息

付款方名称（甲方）。

代扣代付银行（如果有的话）。

付款金额。

乙方的名称、纳税人识别号、地址、电话。

开票日期、开票人、复核人、收款人。

项目名称、计量单位、数量、单价、金额、价税合计、备注。

填写发票

在发票表格上填写好上述收集的信息。

确保发票中包含购买方名称、纳税人识别号、地址、电话、开票日期、开票人、复核人、收款人、项目名称、计量单位、数量、单价、金额、价税合计、备注等信息。

发票开具方式

乙方可以通过自助开票软件（如支付宝、微信）进行自助开票。

乙方也可以将发票通过快递或网络平台发送给甲方。

注意事项

确保代扣代付单位名称与发票注明的相符。

如果涉及垫付款项，根据垫付费用单据进行账务处理，并在收到丙方提供的发票后进行相应的会计处理。

对于全额代收代付款项，不应开具发票，只能开具收据。

如果业务涉及第三方支付，使用指定的发票开具系统，并确保所有信息准确无误。

请根据具体情况调整上述步骤，并咨询专业的会计或税务人员以获得更详细的指导。