货物运输代理在开具发票时应遵循以下步骤和注意事项：

开票流程

1. 登录开票软件。

2. 找到开票入口。

3. 填写受票方、收货方、供货方的信息，包括名称和纳税识别号。

4. 填写开票项目、货物名称、车号等信息。

5. 填写您方的相关开票信息。

注意事项

确保受票方、收货方、供货方信息准确无误。

避免压线、错格等错误。

根据服务类型，可能需要填写起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息在发票备注栏中。

发票类型

一般纳税人可以开具增值税专用发票和增值税普通发票。

小规模纳税人通常只能开具增值税普通发票。

税率

增值税专用发票的适用税率为6%。

增值税普通发票的适用税率为3%。

所需资料

税务登记证原件及复印件。

身份证等身份证明。

运输合同或托运单等相关运输证明文件。

银行结算账户信息。

税务登记

若未办理税务登记证，可能需要先申请办理临时税务登记。

发票认证

货运发票若用于抵扣，必须在申报抵扣前到主管国税机关进行认证。

请根据最新的税务规定和流程进行操作，若有变动请以当地税务部门的规定为准。