上海音乐学院设有15个系，分别是：

1. 作曲系

2. 指挥系

3. 音乐学系

4. 民族音乐系

5. 钢琴系

6. 声乐歌剧系

7. 管弦系

8. 音乐教育系

9. 音乐系

10. 艺术管理系

11. 音乐工程

12. 现代器乐与打击乐系

13. 公共基础部

14. 研究生部

15. 数字媒体学院

16. 马克思主义学院

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