当企业的增值税进项税额超过销项税额时，可以采取以下几种方法处理：

留抵税额

将多余的进项发票留在手中不认证不入账，库存作暂估入库。

次月再认证、冲减暂估入库并按发票入账。

注意进项发票认证的有效期。

抵扣处理

多余的进项发票可以全部认证抵扣，并在“增值税纳税申报表”中做上期留抵税额。

如果企业有销售产品，即使不开具发票销售，也需要计提销项税，从而减少留抵税额。

账务处理

将取得的专票上记载的税额计入“应交税费-待认证进项税额”，不含税的金额计入成本费用科目，价税合计数计入“应付账款”等科目。

待后期认证并申报抵扣时，将对应的税额自“应交税费-待认证进项税额”科目贷方转入“应交税费-应交增值税（进项税额）”科目借方。

供应链管理优化

加强供应商管理，与信誉良好、发票管理规范的供应商建立长期合作关系。

加强库存管理，合理控制库存量，避免库存积压和过期损失。

通过优化采购策略，降低采购成本，从而降低增值税负担。

合理利用税收政策

关注税收政策的最新动态，及时调整经营策略，以最大程度地降低增值税负担。

纳税申报

按照国家税务总局的规定，及时进行纳税申报。

如果进项比销项多，可能需要按照规定上缴多余的税款或者申请退税。

其他注意事项

确认数据准确性，核对发票信息，确保所有进项发票真实有效。

考虑无票收入的可能性，并了解其抵扣规则。

请根据企业的实际情况和当地税务局的具体要求，选择合适的处理方法。