根据国家税务总局的相关规定，物业管理服务中收取的自来水水费，在计算增值税时，可以采用简易计税方法，具体如下：

销售额计算：

以扣除对外支付的自来水水费后的余额作为销售额。

税率：

按照简易计税方法，适用的征收率为3%。

发票开具：

可以选择全额开具专用发票，或者对差额部分开具专用发票，对扣除部分开具普通发票。

纳税申报：

根据当地税务机关的规定，将水费收入纳入税务申报范围，并按时足额缴纳税款。

请根据您公司的具体情况，遵循当地税务机关的规定进行税务申报和缴纳。