福建自考本科毕业论文的申请流程如下：

确认所有课程通过

确保本科专业中所有课程（含实践性课程）均已通过，转考课程和免考课程均已申请通过。

准备相关材料

携带合格的成绩单、大专及以上毕业证书、准考证、毕业论文答辩申请表，到考籍所在地区、县（市）自考办（正常上班时间）申请。

根据报考简章中实践环节各专业论文答辩的报名时间，还需携带身份证、专业毕业证、论文答辩申请表到主考院校申请。

网上申报

在论文申请时间内，登录自考网站，进入“自学业务办理大厅”，登录考生个人中心，在“业务办理”中选择“论文申报”按钮进行申报。

论文撰写与提交

确定选题，根据所学专业、兴趣以及导师的建议（如果报班）进行选择。

按照要求撰写论文，并在规定时间内提交论文材料。

审核与答辩

自考办审核材料并盖章。

根据报考简章中实践环节各专业论文答辩的报名时间，参加论文答辩。

请注意，具体的申请时间和流程可能会根据福建省自学考试办公室的最新通知有所变动，建议及时关注相关通知或直接咨询当地自考办以获得最准确的信息