南京的双一流大学共有13所，具体名单如下：

1. 南京大学

2. 东南大学

3. 南京航空航天大学

4. 南京理工大学

5. 南京邮电大学

6. 河海大学

7. 南京林业大学

8. 南京信息工程大学

9. 南京农业大学

10. 南京医科大学

11. 南京中医药大学

12. 中国药科大学

13. 南京师范大学