当企业的销售额超过增值税发票的最高开票限额时，可以采取以下几种方法处理：

拆分发票

将超过限额的销售额拆分成多张发票开具。

例如，如果单张发票限额为9999.99元，而需要开具的发票金额为600000元，则可以拆分成60张9999.99元的发票。

申请提高开票限额

如果企业业务发展导致原开票限额无法满足需求，可以向税务局申请提高开票限额。

税务机关会根据企业的具体情况决定是否批准。

使用清单

对于内容较多的发票，可以使用销货清单，在清单上详细列出商品或服务信息。

发票上仅显示总金额和税额，具体明细在清单中展示。

批量开票软件

利用专业的批量开票软件，如“新发票通”，可以自动处理超限额拆分，并批量开具连号发票。

开设对公账户

如果企业没有对公账户，可能会影响开票，因此需要立即开设对公账户。

税务授权

如果开票经常超过限额，可以向税务机关申请发票监控信息变更，以适当提高限额。

请根据企业实际情况选择合适的处理方式。需要注意的是，不同地区可能有不同的规定和操作流程，建议咨询当地税务机关获取最准确的信息