当建造师的注册申请被退回时，可以按照以下步骤进行办理：

确认退回原因

仔细阅读退回通知，了解具体原因。

核实错误信息

核实退回原因中提到的资料错误或不完整之处。

准备修正资料

根据退回原因，准备需要补充或更正的资料。

联系原单位或新单位

如果变更注册申请被原单位调出但新单位退回，联系原单位重新录入信息。

个人修改信息

登录建造师注册管理系统，修改被退回的信息。

重新提交申请

将修正后的资料重新提交至相关部门。

关注审核进度

定期登录系统查看申请状态，保持与原聘用单位和新单位的沟通。

领取注册证书

一旦审核通过，按照系统提示或联系当地建委领取新的注册证书。

保持耐心

整个过程可能需要一些时间，请耐心等待。

考虑专业帮助

如果自己处理有困难，可以咨询专业人士或寻求帮助。

请确保所有步骤都按照最新的政策和规定进行，若有疑问，及时联系当地建设行政主管部门或注册管理系统客服获取帮助。