当建造师证书被扣时，您可以按照以下步骤处理：

了解原因

首先，向扣留证书的单位或个人询问具体原因，并要求提供书面通知。

沟通协调

与扣留证书的单位或个人进行沟通，了解具体情况，并表明自己的立场。

如果证书是个人自费考取的，离职后公司无权扣留。

提供证明材料

根据被扣原因，准备相应的证明材料，如身份证、注册建造师证、解聘证明等。

申请恢复证书

向扣留证书的单位或个人提出恢复证书的申请，并密切关注申请进度。

法律途径

如果协商无果，可以寻求法律帮助。

向劳动部门举报，或申请劳动仲裁，甚至提起诉讼。

其他解决办法

如果证书还未注册到单位，可以到发证处申报丢失重办。

如果企业不配合，可以向劳动仲裁部门或法院申诉解除劳动关系，并提交相关证明材料进行申诉。

请根据具体情况选择合适的解决步骤，并注意保留所有沟通记录和证据，以备不时之需。