工资扣款的入账处理应遵循以下步骤：

设置科目：

在会计软件或账本中设置相应的工资扣款科目，如“应交个人所得税”、“代扣代缴社会保险”等。

登记扣款金额：

根据工资表，将每个员工的工资扣款金额登记在相应的科目下。

计提工资费用：

在发放工资前，根据工资结算汇总表中的应发金额总数，计提工资费用。

发放工资：

发放工资时，根据工资支付单的实际金额，发放工资并记录实发工资数。

扣款分录：

对于需要扣除的款项，如社保、公积金、个人所得税等，进行相应的会计分录处理。

转账处理：

将工资扣款总额从“应付职工薪酬”科目转入“银行存款”科目，完成工资扣款的入账。

具体的会计分录示例如下：

计提工资费用：

借：管理费用——工资——职工工资

贷：应付职工薪酬——工资

发放工资并扣除款项：

借：应付职工薪酬——工资

贷：其他应收款——代付社保费

营业外收入——考勤扣款

库存现金/银行存款（实发数）

缴纳个人所得税：

借：应交税费——应交个人所得税

贷：银行存款

请根据实际业务发生的情况，选择合适的会计科目进行账务处理，并确保所有分录准确无误。