对于工程预付款的会计处理，根据不同的业务场景和会计准则，可以选择以下几种科目进行核算：

1. 如果预付款项情况不多，可以直接将预付的款项记入“应付账款”科目。

2. 对于在建工程预付的工程价款，可以借记“预付账款”科目，贷记“银行存款”等科目。

3. 在结算工程价款时，可以根据工程进度借记“在建工程”科目，贷记“预付账款”或“银行存款”等科目。

4. 对于施工企业在别人那承包的工程所收到的预付款，可以记入“预收账款——工程款”科目。

5. 如果预付的款项是用于长期资产，如工程及设备，可能需要在资产负债表日将其列报为“其他非流动资产”科目。

请根据具体情况选择合适的会计科目进行核算，并确保符合相关会计准则的要求。