小规模纳税人在缴纳税款时的会计分录通常包括以下几个步骤：

1. 确认收入并计提增值税：

借：应收账款等

贷：主营业务收入

贷：应交税费—应交增值税

2. 实际缴纳增值税：

借：应交税费—应交增值税

贷：银行存款

3. 如果涉及到附加税（如城建税、教育费附加、地方教育费附加等），则计提和缴纳附加税的会计分录分别为：

计提附加税：

借：税金及附加—城建税

借：税金及附加—教育费附加

借：税金及附加—地方教育费附加

贷：应交税费—应交城建税

贷：应交税费—教育费附加

贷：应交税费—地方教育费附加

缴纳附加税：

借：应交税费—应交城建税

借：应交税费—教育费附加

借：应交税费—地方教育费附加

贷：银行存款

请注意，以上分录是基于标准会计处理方法，实际操作中可能因企业具体情况和当地税务部门的规定有所不同。务必遵循当地税法和会计准则进行会计处理