安全员证书的发放机关可能因地区和行业而异，但通常有以下几个途径：

1. 住房和城乡建设委员会：对于建筑行业，安全员证书可能由住房和城乡建设委员会颁发。

2. 应急管理部门（原安监局）：现在负责安全员证书的发放，特别是在涉及安全生产和应急救援的领域。

3. 人力资源和社会保障部门（人社部门）：在某些情况下，安全员岗位证可能由人社部门颁发。

4. 行业协会或企业内部：某些大型企业或行业协会也可能组织培训和考试，并颁发内部的安全员证书。

5. 国家职业资格认证机构：根据国家规定，安全员证书必须通过国家职业资格认证机构的认证考试才能获得。

请根据您所在的地区和具体行业，查询当地相关部门发布的具体信息，以确定安全员证书的正确发放机关。