南京理工大学拥有多个王牌专业，以下是一些被广泛认为较好的专业：

机械工程- 国家级一流本科专业建设点，省级品牌专业。

化学工程与工艺- 国家级特色专业。

电子信息工程- 国家级特色专业，省级品牌专业。

自动化专业- 培养具备电工技术、电子技术等领域知识的高级工程技术人才。

武器系统与工程- 国家级一流本科专业建设点，省级品牌专业。

材料科学与工程- 省级品牌专业。

计算机科学与技术- 专业的信息管理与信息系统。

软件工程- 专业的信息管理与信息系统。

环境工程- 专业的信息管理与信息系统。

光电信息科学与工程- 专业的信息管理与信息系统。

请注意，专业的选择应考虑个人兴趣、职业规划以及专业的就业前景。建议参考最新的学校公布信息以及行业趋势来做出选择。