南京审计大学的专业设置涵盖了广泛的学科领域，其中包括一些特色专业和一流本科专业建设点。以下是一些主要的专业设置：

审计学专业：

包括ACCA方向和创新基地班，是国内较早组建ACCA成建制班的高校之一。

会计学专业：

提供CMA方向的专业教育。

金融学专业：

是国家级特色专业建设点、江苏省品牌专业，也是国家级一流本科专业建设点。

保险学专业：

成立于2005年，是江苏省一流本科专业建设点，江苏高校特色专业。

投资学专业：

始建于2008年，是江苏省“十二五”高等学校重点专业建设项目，也是国家级一流本科专业建设点。

信用管理专业：

创办于2007年，2021年和2022年入选江苏省和国家一流本科专业建设点。

金融工程专业：

成立于2013年。

其他专业：

如工商管理、理论经济学、应用经济学、法学、统计学、计算机科学与技术、管理科学与工程、公共管理学等，拥有硕士专业学位类别。

南京审计大学还注重国际化教育，例如设置了审计专业硕士国际班，旨在培养具有国际化视野的审计人才。