蔡甸区财政局内设的科室包括：

1. 会计监督科

2. 预算科（预算绩效评价管理中心）

3. 国库科（政府采购管理科）

4. 行政政法科

5. 产业科

6. 金融科

7. 农村科（综改办）

8. 非税分局（票据管理中心）

这些科室负责不同的财政管理工作，如预算编制和执行、会计核算、资金调度、行政事务管理、税收征管、采购管理等。