菏泽医学专科学校设有多个系部，具体包括：

1. 临床医学系

2. 护理系

3. 药学与检验系

4. 基础医学部

5. 思想政治理论教学部

6. 口腔医学系

7. 医学技术系

8. 健康管理系

9. 中医药系

10. 公共教学部

请注意，专业设置可能会发生变动，建议以学校官网公布的信息为准