当公司进行存货盘点发现缺货时，以下是可能的会计处理步骤和分录：

审批前的处理

将缺货的存货金额转入“待处理财产损溢”账户。

借：待处理财产损溢

贷：库存商品

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审批后的处理

如果缺货是由于正常损耗或管理不善引起的，将净损失计入“管理费用”。

借：管理费用

贷：待处理财产损溢

如果缺货是由于责任人或保险公司赔偿引起的，将赔偿金额记入“其他应收款”。

借：其他应收款

贷：待处理财产损溢

如果缺货是由于自然灾害或不可抗力因素等非常原因引起的，将损失计入“营业外支出—非常损失”。

借：营业外支出—非常损失

贷：待处理财产损溢

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残料入库

如果存在残料可以入库，将残料价值从“待处理财产损溢”中扣除。

借：原材料

贷：待处理财产损溢

请根据具体情况选择合适的会计分录进行处理，并确保所有分录都经过适当的审批流程。