安徽医学高等专科学校设有以下系部：

1. 基础部

2. 思政部

3. 临床医学系

4. 口腔医学系

5. 医学技术系

6. 护理学部

7. 公共卫生与卫生管理系

8. 药学系

9. 医学美容技术系

10. 医学基础部

11. 体育部

12. 康复治疗技术系

13. 医学检验技术系

14. 医学影像技术系

15. 眼视光技术系

16. 卫生信息管理系

17. 医学营养系

18. 马克思主义学院

19. 医学院

20. 药学院

21. 护理学院

22. 临床试验科技学院

23. 公共基础学院

24. 继续教育学院

这些系部涵盖了护理、临床医学、检验、影像、康复、口腔、视光、卫生信息、营养、美容等多个医学领域。