处理档案中学历倒置的问题，您可以按照以下步骤进行：

明确问题

确定学历重叠的具体原因，例如是否在读中专或大专的同时报考了成人高考，或是在读本科时又开始了另一个专科学习。

补办缺失的毕业证

如果因为缺少某些学历阶段的毕业证而导致学历重叠，尝试联系原学校或教育机构补办相应的毕业证。

更正档案中的学历信息

向负责档案的部门提交书面说明，解释错误原因，并提供正确的学历证明，如毕业证书的原件和复印件。

核实学历信息

查询员工实际学历证，确认信息的真实性，并按照工作流程申请更正。

档案激活与转移

如果需要，向人事档案机构求助，重新激活档案，并转回原籍人才市场。

补充学籍档案

如果档案中没有学籍档案，应到学校查找并添加，包括学生登记表、学籍表（成绩表）和毕业证复印件等。

及时更新毕业证信息

将毕业证提交给档案管理单位审核，并及时更新档案中的信息。

请确保在处理过程中，所有步骤都符合相关法规和流程，并且提供充分的证明材料。如果您在处理过程中遇到困难，可以咨询专业人士或相关部门获取帮助