南京农委的主要职责包括：

1. 贯彻执行国家、省、市关于农业农村工作的法律、法规、方针政策，并拟定农业各产业、农村经济发展战略、中长期发展规划和年度计划并组织实施。

2. 起草农业和农村经济地方性法规、规章草案。

3. 指导粮食等主要农产品生产，促进农业产前、产中、产后一体化发展，并提出有关农产品价格、大宗农产品流通及农业财政补贴的政策建议。

4. 推进农业生态环境保护、农村可再生能源综合开发与利用。

5. 指导扶持农业社会化服务体系、农村合作经济组织、农民专业合作社和农产品行业协会的建设与发展，引导发展多种形式农业适度规模经营。

6. 实施科教兴农战略，组织农业科技创新和农业产业体系建设，管理、推广农业科技成果，指导农技推广体系改革与建设。

7. 管理全市农业资源开发项目，协助监管项目资金，推进生态农业、循环农业和观光农业建设。

8. 加强组织指导林业改革和农村林业发展，依法维护农民经营林业合法权益。

9. 发展扶持生态农业、观光农业、循环农业、农业生物质产业，促进农业资源合理配置和农业可持续发展。

10. 负责地方畜禽种质资源保护、畜禽重大疫病防治共性技术的研究、畜禽饲养管理技术的标准制定、畜禽品种的引进、改良与推广、畜禽共性技术试验示范、推广培训及畜禽生产过程安全质量监控等公益职能。