学校主管部门主要指的是 教育行政部门。在我国，教育主管部门包括中央和地方两个层级：

中央层面 ：主要是指国家教育部，负责规划、制定和实施全国的教育政策。

地方层面：

一般是指各省、自治区、直辖市的教育厅或教育局，负责落实中央教育政策并管理本地区的教育工作。

具体到学校的主管机构，有以下几种情况：

中小学：

通常由所在地区的教育局或教育行政部门负责管理和指导。

大学

中央直属大学：

主管部门是教育部。

地方大学：主管部门是省区教育厅。

总结来说，学校主管部门在国家和地方层面分别是教育部和地方教育厅或教育局，具体负责学校的业务工作和贯彻落实上级方针政策。