孝南区辖下共有以下乡镇：

1. 肖港镇

2. 广场街道

3. 书院街道

4. 杨店镇

5. 陡岗镇

6. 毛陈镇

7. 三汊镇

8. 祝站镇

9. 新铺镇

10. 卧龙乡

11. 朋兴乡

12. 闵集乡

13. 朱湖农场

14. 东山头农场

孝南区还包括书院街道、车站街道、新华街道、广场街道、西河镇、杨店镇、陡岗镇、肖港镇、毛陈镇、三汊镇、祝站镇、新铺镇、卧龙乡、朋兴乡、闵集乡等行政区划