公司查询员工学历通常有以下几种方式：

要求员工提供学历证明

员工需提供学位证书、毕业证书等原件或复印件。

联系学校查询

直接联系员工毕业院校，核实学历信息。

社会认可的学历认证

通过社会认可的学历认证机构进行认证。

使用第三方查询工具

利用第三方查询工具，如学信网，进行学历查询。

学信网查询

登录学信网，输入员工姓名和证书编号查询。

人力资源部门直接查询

人力资源管理人员根据招聘员工数量，定期向学信网发送查询清单，或亲自登录学信网进行查询。

要求员工个人打印学历报告

员工在学信网上打印学历报告，部分情况下可能需要支付费用。

以上方法可以帮助公司验证员工学历的真实性。需要注意的是，不同公司可能有不同的政策和流程，具体操作以公司的要求为准