转账支票存根的账务处理遵循以下步骤：

核实支票内容：

确认支票上的人民币金额、收款人及账号等信息无误。

填写收款人及账号：

在支票上正确填写收款人和账号。

审核：

财务部门主管对支票内容进行审核确认。

记账凭证：

根据支票存根内容填制记账凭证。

如果是 存入银行的转账支票（收入），会计分录为：

借：银行存款

贷：应收帐款（或预收帐款等）

如果是 付出去的支票存根，会计分录为：

借：应付帐款（或预付帐款或费用类相关科目）

贷：银行存款

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票据存放：

将票据妥善存放，并作为会计凭证的存档。

请根据具体情况选择相应的会计分录进行账务处理。