温州大学最好的专业包括：

1. 化学专业：是温州大学的王牌专业之一，拥有省级一流本科专业建设点和省级重点学科。

2. 生物科学专业：是国家级特色专业和省级重点专业。

3. 机械工程专业：是省级一流本科专业建设点和省级重点学科。

4. 电气工程及其自动化专业：是省级一流本科专业建设点和省级重点学科。

5. 网络工程专业：是省级一流本科专业建设点。

6. 工业工程专业：是省级重点学科。

7. 金融工程专业：是省级特色专业。

8. 国际经济与贸易专业：是省级特色专业。

此外，计算机科学与技术、网络工程（卓工超豪示范班）、人工智能、数据科学与大数据技术也是温州大学非常受欢迎和具有竞争力的专业。